Câu lạc bộ khởi đầu là một câu lạc bộ doanh nghiệp, Câu lạc bộ bóng đá Tokyo Gas (東京ガスFC)[1] Mùa đầu tiên của họ tại giải quốc gia là năm 1991, mùa cuối cùng của Japan Soccer League cũ.[2] Với sự bổ sung tuyển thủ Brazil Amaral và huấn luyện viên Kiyoshi Okuma lãnh đạo, câu lạc bộ dần dần trở lên cạnh tranh và năm 1997, đội kết thúc ở vị trí thứ hai, một năm sau đó họ giành chức vô địch JFL. Tuy nhiên, ở thời điểm đó đội không đủ điều kiện cần thiết để lên J1 League và đành phải ở lại J2.

Sau đó, ngày 1 tháng 10 năm 1998, các công ty như Tokyo Gas, TEPCO, ampm, TV Tokyo, và Culture Convenience Club, cùng nhau tạo ra Công ty Câu lạc bộ bóng đá Tokyo với mục tiêu giúp đội có đủ điều kiện tham dự J. League. Năm 1999, họ kết thúc ở vị trí thứ J2 League và giành quyền lên hạng J1 bắt đầu từ mùa 2000. Bất chấp những khó khăn ngày đầu lên hạng, đội giành 4 chiến thắng liên tiếp sau ngày khai mạc và kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 7

xxxxthumb|Tokyo Dorompa, linh vật của câu lạc bộ]]Nhờ kỉ lục chiến thắng, lượng khán giả tăng lên và và có vị trí cao hơn Tokyo Verdy 1969 đội chuyển trụ sở từ Kawasaki, Kanagawa về năm 2001. Từ năm 2002, đội được dẫn dắt bởi Hiromi Hara và cố gắng giành chức vô địch nhờ một hàng tấn công mạnh. Mùa 2003 đội kết thúc ở vị trí thứ 4, cao nhất trong lịch sử. Tháng Tám cùng năm, họ tổ chức trận giao hữu với một trong những đội bóng lớn nhất thế giới, Real Madrid dù thua 3–0 nhưng đã nhận được những kinh nghiệm quý báu ở cả trong lẫn ngoài sân cỏ từ một câu lạc bộ lớn.

Người đội trưởng lâu năm Amaral, được các cổ động viên gọi làThe King of Tokyo, rời câu lạc bộ và gia nhập Shonan Bellmare năm 2004. Được thay thể bởi tuyển thủ đội tuyển Olympic quốc gia tham dự Olympic Athens Yasuyuki Konno từ Consadole Sapporo. Vào tháng 11 cùng năm, họ giành chức vô địch J. League Yamazaki Nabisco Cup chức vô địch lớn đầu tiên kể từ khi gia nhập J. League.

Sau 10 năm tham dự J. League mà không có linh vật, câu lạc bộ chọn Tokyo Dorompa, có hình dáng giống một con tanuki, làm linh vật chính thức vào tháng 1 năm 2009.

Ngày 4 tháng 12 năm 2010 FC Tokyo có trận đấu cuối cùng của họ trên sân khách với đội bóng đã xuống hạng Kyoto Sanga FC. FC Tokyo để thua 2-0 và trở lại với giải hạng hai lần đầu sau 11 năm. Tuy vậy, họ đã nhanh chóng trở lại ngay trong mùa giải sau đó với chức vô địch J2 vào tháng 11 năm 2011.

Trước khi họ giành Cúp Hoàng đế 2011, FC Tokyo đã từng ba lần vào bán kết: vào các năm 1997 (Tokyo Gas), 2008, và 2010. Năm 2011 khi mà họ xuất sắc giành chức vô địch họ vẫn đang thi đấu tại giải hạng hai. Họ trở thành đội đầu tiên cả J2, và thứ ba của giải hạng hai (sau NKK S.C. năm 1981 và Júbilo Iwata năm 1982), làm được điều này.